Свято-Алексеевский храм вначале являлся домовой церковью КВЖД и располагался в Женском Корпусе Коммерческих училищ КВЖД, обслуживая нужды училищ. После перехода в 1924 году дороги в ведение СССР, церковь вынужденно покинула помещение Коммерческих училищ и в 1925 году была перенесена в наемное помещение в Торговых рядах Косаткина на Зелёном базаре (улица Соборная, дом 20). Церковь стала приходской.

Позже церковь перешла в небольшой храм, построенный на улице Кривой.