Центром монастыря являлся трехпрестольный храм в честь Казанской иконы Божией Матери. В храме находились большая храмовая Казанская икона Божией Матери и два чудесным образом обновившиеся образа Богоматери: «Владимирская икона» и икона «Неопалимая Купина». К соборному храму были пристроены придел во имя великомученика Пантелеимона с правой стороны и придел во имя архангела Михаила – с левой.

На территории монастыря были кельи для монастырской братии (два жилых дома), пекарня, баня, постройки для скота и птицы, нескольких мастерских: иконописная, столярная, слесарная, переплетная, сапожная и портняжная. Монастырь обладал собственной типографией, издававшей духовно-нравственный журнал «Хлеб Небесный» и разнообразную религиозно-просветительскую литературу. При монастыре имелась общедоступная епархиальная библиотека. При монастыре была открыта больница имени доктора В. А. Казем-Бека на 17 коек с амбулаторией и аптекой для беднейшего населения Харбина.

При монастыре имелись большой огород и фруктовый сад.

Казанско-Богородицкий монастырь располагался в Гондатьевке, ул. Крестовоздвиженская, 16 (18), на пересечении Крестовоздвиженской, Двинской и Антоновской улиц. Улица Крестовоздвиженская образовалась после построения монастыря и ее название связано с находящимся на ней монастырем.

Свою историю монастырь ведет с 1922 г., когда на предоставленном администрацией КВЖД участке на Крестовском острове, на реке Сунгари было начато его строительство. Уже в 1923 году, когда стало ясно, что Крестовский остров является местом не подходящим для монастыря, братия переселилась на съемную временную квартиру в Харбине.

В 1924 году Земельный Отдел КВЖД предоставил для монастыря участок земли в Гондатьевке, площадью в 1700 кв. саж., где и была основана постоянная обитель.

4(17) августа 1924 г. было совершено освящение закладки Казанского соборного храма обители, а 20 декабря 1924 (2-го января 1925 г.) новый храм был готов и торжественно освящён.

Весной 1925 года началась постройка каменного братского корпуса, который был окончен осенью того же 1925 года.

26 августа 1928 г. начала работать монастырская типография.

В 1929 году монастырская типография значительно расширилась, была поставлена вторая печатная машина с электрическими моторами.

Рядом с монастырём у частных владельцев за наличные деньги был приобретен участок в 220 кв. сажен, на котором сооружён домик для братии в части мастерских, и построено помещение для монастырского скота.

11(24) мая 1931 года в частном наёмном помещении рядом с монастырём состоялось освящение и открытие монастырской аптеки и амбулатории.

4 ноября 1931 г. уже при обители была построена и открылась больница имени доктора В. А. Казем-Бека с амбулаторией и аптекой.